در زیر ساختار Fxr1 آمده است. این یک دامنه اتصال به متیل لیزین پروتئین 1 مرتبط با عقب ماندگی ذهنی انسان است که یک هدف مهم است. در حالی که من در روسیه بودم (از دیروز)، النا به من یک خبر خوب را ایمیل کرد که اکنون کریستال های Fxr1 را داریم. ما به آنها برای آزمایش های کریستالیزاسیون/خیساندن نیاز داریم. متاسفانه کیفیت این کریستال ها بالا نیست و باید تلاش خود را برای بهینه سازی این کریستال ها ادامه دهیم. امیدوارم این کاری باشد که دانشجوی فارغ التحصیل من ویکتوریا بتواند در مقطعی انجام دهد…
در حال حاضر می خواهم بین کریستالیزاسیون و خیساندن کریستال ها تمایز قائل شوم. کریستالیزاسیون همزمان زمانی است که سعی می کنیم یک پروتئین را همراه با مولکول کوچک آن متبلور کنیم. در هر صورت، این در واقع می تواند در مورد Fxr1 (در بالا) به ما کمک کند زیرا این احتمال وجود دارد که مولکول هایی که ما طراحی کرده ایم کیفیت کریستال را بهبود بخشند. از طرف دیگر، خیساندن زمانی است که از قبل کریستال های پروتئینی با کیفیت خوب داشته باشید و آنها را در محلول یک مولکول کوچک قرار دهید. ایده این است که یک مولکول کوچک در شبکه پخش می‌شود و در مکان‌هایی که تصادفی نیستند «گیر می‌کند». این طرحی برای کشف کاوشگرهای جدید برای پروتئین هایی است که لیگاندهای هم خانواده ندارند.
فردا روزی است که من از روبیکون عبور می کنم: قصد داریم با دکتر امان اقبال آزمایش های خیساندن را انجام دهیم. امان یک متخصص در خیساندن است که از Astex در بوستون به SGC رسیده است. اخیرا امان موفق شد برای یکی از اهداف مشترک ما یک کریستال مشترک بدست آورد. فردا زمان آن است که یکی دیگر از پروتئین های مورد نظر خود را در کوکتل هایی از مولکول های کوچک خیس کنیم. ما قصد داریم حدود 80 کریستال تولید کنیم و آنها را با کریستالوگرافی اشعه ایکس تجزیه و تحلیل کنیم تا اتصال دهنده ها را پیدا کنیم. زمانی که من در روسیه نبودم، کانر، ربکا و شینیا سخت کار کردند و یک کتابخانه از قطعات ساختاری پیشرفته ساختند. علاوه بر این، ما ترکیبات بسیار جالبی را از پروفسور لورل شافر (UBC) و دکترای او دریافت کردیم. دانشجو، آندری برزنکو (توسط FedEx اوایل امروز). امیدوارم با افراد بیشتری که هتروسیکل های خوبی دارند و علاقه مند به درک نحوه تعامل آنها با اهداف پیچیده پروتئینی هستند، همکاری کنیم. من به ویژه امیدوار هستم که با مولکول های خوب لورل چیز جالبی داشته باشم. من در برخی موارد در مورد روش های او وبلاگ خواهم نوشت. من فکر می کنم منصفانه است که بگوییم روش شناسی مرتبط با هتروسیکل ما این روزها به سمت پر کردن سوراخ های روی سطوح پروتئینی است. این جالبه.
در پایان، نمی توانم آن مقاله زیبای فوجیتا در طبیعت (http://www.nature.com/nature/journal/v495/n7442/full/nature11990.html) را به یاد بیاورم. در آن، او آنچه را که به طور موثر یک آنالوگ معدنی از آزمایش خیساندن شبکه پروتئینی سه بعدی/مولکول کوچک است، توصیف می کند. مقاله فوق‌العاده است، اما من به تازگی فکر میکنم که نسخه‌ای از این روش برای مدتی در میان ترفندهای دانشمندان پروتئین بوده است. من به خیساندن اشاره میکنم البته…