در آزمایشگاه من، ما کارهای پپتیدی زیادی را با تأکید خاصی بر تعیین ساختار انجام می دهیم. این یک فرآیند چند مرحله‌ای و پیچیده است که به حداکثر توجه ما به جزئیات نیاز دارد و در معرض موانع بسیاری با ماهیت بسیار فنی است. حلالیت و تجمع پپتیدها اغلب دمدمی مزاج و وابسته به حلال برای من کافی است. من می‌توانم موارد متعددی را به یاد بیاورم که قربانی این تله شدیم: یک اسید آمینه را در یک توالی تغییر می‌دادیم و رفتاری کاملاً غیرمنتظره را ثبت می‌کردیم. به عنوان مثال، یک دنباله می تواند محلول و خوش رفتار باشد، در حالی که بستگان نزدیک آن یک “دود” کامل است. به دنیای پپتیدها خوش آمدید! جای تعجب نیست که وجود دارد انجمن پپتید آمریکا بیرون وجود دارد… آیا چیزی شنیده اید؟ انجمن آلکن آمریکا? یا انجمن برم آمریکا? نه، من هم این به شما می گوید که شیمی پپتید، به عنوان یک رشته، در یک کلاس خاص خود قرار دارد.

اما اجازه دهید به چند روش ملموس برای مقابله با رفتار پپتید، به ویژه تجمع و حلالیت پپتید برگردیم. من در حال مطالعه مقاله 5 ساله Geyer و همکارانش در OBC بودم و با استفاده از SDS به منظور جلوگیری از تجمع پپتیدها مواجه شدم. یکی از توالی های گزارش شده در این دستنوشته مربوط به یک پپتید اسید آمینه ده با محتوای بتای آمفی پاتیک ضد موازی بالا بود. این پپتید تمایل به خود تجمعی در محلول آبی داشت. خوشبختانه، این رفتار نامطلوب به طور موثر با افزودن سدیم دودسیل سولفات perdeuterated به بافر فسفات آبی مقابله شد. تحت این شرایط، از بارش جلوگیری شد و به نویسندگان اجازه داد تا مولکول های خود را با استفاده از NMR مطالعه کنند. من قصد دارم در مورد این ویژگی با آزمایشگاهم صحبت کنم و ببینم که چگونه SDS ممکن است به برخی از NMR های پپتیدی حلقوی حل نشدنی ما کمک کند که گهگاه سرهای زشت خود را بالا می برند. فکر می‌کنم باید فهرستی از افزودنی‌های جادویی تهیه کنیم که به جلوگیری از دام‌های خودآزمایی پپتیدی کمک می‌کند. اگر از ترفندهایی در این راستا اطلاع دارید، لطفاً به من اطلاع دهید.

http://pubs.rsc.org/en/content/articlehtml/2010/ob/b917549k