اجازه دهید ناامیدی را با شما در میان بگذارم که هرگز فکر نمی‌کردم امکان پذیر باشد: شما به ساختار کریستالی یک پروتئین با یک مولکول کوچک متصل به آن نگاه می‌کنید و نمی‌دانید این مولکول کوچک چیست. درست است. باید اعتراف کنم که این احساس نسبتاً ناخوشایند برای کسی است که آزمایشگاهی دارد که مولکول‌های کوچک می‌سازد. دانش‌آموزان من برای تعیین ساختار در تلاش‌های روزمره ما بر کریستالوگرافی اشعه ایکس تکیه می‌کنند. با این حال، ما از روش‌های مستقیم در شیمی آلی استفاده می‌کنیم و مطمئناً، وقتی مولکولی دارید که ساختار آن با وضوح آنگستروم 0.6 حل می‌شود، زندگی خوب است و وقتی به شما می‌گوید که یک مولکول معین چیست، می‌توانید 100٪ روی داده‌ها تکیه کنید. ساختارهای پروتئینی بسیار پیچیده‌تر هستند، اما زمانی که سعی می‌کنید ساختار را حل کنید، به یک مدل تکیه می‌کنید. اگر ساختار تفکیک آنگستروم 2.4 دارید و چگالی الکترونی را می بینید که مربوط به یک مولکول کوچک متصل به پروتئین است، در یافتن این مولکول موفق باشید، مگر اینکه از قبل آن را بدانید یا شک داشته باشید که ممکن است چیست! خسته کننده نیست؟

یک مورد در زیر نشان داده شده است، که مبارزه روزمره ما در حال حاضر است… درست در مرکز تصویر، چگالی الکترونی موز مانندی را مشاهده می کنید که بخشی از پروتئین نیست. شما یک ساختار (فرض شده) را می بینید و به عنوان یک مدل نشان داده می شود. اما گول نخورید، این دور از واقعیت است. ما می دانیم که واقعی نیست زیرا پراکندگی غیرعادی به ما می گوید که هیچ اتم S وجود ندارد، با وجود اینکه گروه SO3 به وضوح در ساختار نشان داده شده مدل شده است. ما در تلاشیم تا بفهمیم چگالی متعلق به چه چیزی است و هنوز در تاریکی هستیم. من هرگز فکر نمی کردم (شاید ساده لوحانه) که می تواند چنین باشد، اما درست است… کریستالوگرافی پروتئین برای پروتئین ها است و به نظر می رسد مولکول های کوچک پسرعموهای زشت پروتئین ها هستند! ما سعی می کنیم از انواع ابزارها، از جمله MS غیر دناتوره کننده استفاده کنیم، اما به نظر نمی رسد که ساختار مناسب را به صفر برسانیم (هنوز). گوش به زنگ باشید. اتفاقاً این پروتئینی است که چندی پیش با النا متبلور شدم. من هنوز نمی توانم نام آن را فاش کنم، متاسفم.

من عاشق این تعطیلات هستم!