پایگاه داده پروتئین (www.rcsb.org) یک منبع فوق العاده است که ایده های زیادی را برای زیست شناسان ساختاری و شیمیدانان به طور یکسان ارائه می دهد. در حالی که ارزش pdb وقتی صحبت از زیست شناسان ساختاری می شود کاملاً قابل توضیح است، تا آنجا که به شیمیدانان آلی مربوط می شود چندان واضح نیست. من فکر می کنم همه ما باید از این منبع مهم و قابل جستجو استفاده کنیم. دلایل زیادی برای دوست داشتن آن وجود دارد و یکی از آنها این است که می توانید ایده های جالبی در مورد طراحی مولکولی بدست آورید. امروز در مورد ترجیحات پیچشی در مولکول های کوچک متصل به پروتئین بحث خواهم کرد. ترفندهای آنتروپیک که توسط شیمیدانان استفاده می شود به فرد اجازه می دهد آزادی ساختاری را که برای یک مولکول کوچک معین در دسترس است محدود کند و، صرف نظر از دیدگاه شما در مورد جبران آنتروپی/آنتالپی (این باید یک موضوع جداگانه برای یک پست باشد)، مولکول های کوچک احتمالاً با اهداف خود درگیر می شوند. با درگیر کردن الف مجموعه “کوانتیزه”. جهت گیری های گروه عملکردی اما آیا اینها با حداقل انرژی مطابقت دارند؟ به عنوان مثال، اگر به قطعه دی‌آری‌لامین که در زیر نشان داده شده است نگاه کنید و در مورد تجزیه و تحلیل آماری تمام نمونه‌های pdb که به نظر می‌رسد به پروتئین متصل است، سؤال بپرسید، چه؟ ممکن است ترجیحی وجود داشته باشد abc زاویه دو وجهی؟ اگر پاسخ بله است، آن چیست؟

در این رابطه امروز دو مقاله مهم را درج خواهم کرد. مورد اول نسبتاً بحث برانگیز است. نقدهای زیادی در ادبیات به خود دیده است. این کار توسط پرولا نشان می دهد که بیش از 60٪ لیگاندها در یک ترکیب حداقل محلی به اهداف خود متصل نمی شوند (http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jm030563w). انتقادی که علیه این کار صورت می گیرد اعتبار پارامترهای هندسی مولکول های کوچک تعیین شده توسط کریستالوگراف های پروتئین را زیر سوال می برد (پست های قدیمی من را به یاد بیاورید – این افراد در مقایسه با کریستالوگراف های شیمی گرا نژاد متفاوتی هستند). من فکر می‌کنم که بحث اینجا به مشکل دیرینه حل مرتبط است. مقاله دوم توسط هائو و همکارانش (http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ci700189s) است. این کار در مورد محدوده های قابل دسترسی از پارامترهای هندسی برای گروه های عاملی در لیگاندهای مولکولی کوچک است. شکل 1 این مقاله واقعاً جالب است: هیستوگرام ساختاری مشتق شده از ساختارهای پرتو ایکس PDB را به عنوان یک نمودار میله ای نشان می دهد. نویسندگان تعداد وقوع یک موتیف پیچشی معین را با انرژی پتانسیل محاسبه شده با استفاده از DFT کنار هم قرار می دهند. این مقاله نشان می دهد که محتمل ترین مقادیر زوایای پیچش به خوبی با حداقل انرژی جهانی محاسبه شده مطابقت دارد. من فکر می کنم راه های خلاقانه ای برای استفاده از این نوع یافته ها در تلاش برای طراحی لیگاندهای محدود وجود دارد.