از زمانی که به یاد دارم، همیشه مفاهیم گسترده را بر جزئیات ترجیح داده ام. سفر من به شرودینگر در 2 روز گذشته پر از بینش های جالبی بوده است که بسیاری از آنها ماهیت مفهومی دارند. من به ویژه از برخی تشبیهات قابل آموزش لذت بردم که وقتی مطالب مرتبط با شیمی محاسباتی را برای دانش‌آموزان توضیح می‌دهیم می‌توانند به خوبی به ما کمک کنند. آرت بوچواروف شرودینگر روش خوبی برای تفکر در مورد معنای مجموعه های مبنا و سطوح نظریه در محاسبات مکانیک کوانتومی ارائه کرد. من از تشبیه او به آشپزی بسیار لذت بردم. مطمئنم همه شما به دیدن چیزهایی مانند “B3LYP/6-31G**” در مقالاتی که با محاسبات سروکار دارند عادت کرده اید. نام B3LYP مخفف سطح تئوری است، در حالی که قسمت 6-31G** مجموعه پایه را تعریف می کند. تشبیه به پخت و پز در مقایسه پایه با موادی است که در فروشگاه مواد غذایی خود تهیه می کنید (برای یک وعده غذایی خاص، ممکن است بخواهید مرغ، کرفس، فلفل، نمک، گشنیز بخرید). سطح تئوری در مقایسه با یک آشپز بهتر است زیرا این کم و بیش در مورد دستور العمل و نحوه استفاده از مواد اولیه به بهترین شکل ممکن است. البته خود ظرف محصول نهایی یک محاسبه است. برای انتخاب مواد مناسب (مجموعه پایه) باید دقت زیادی کرد. به همان اندازه بخش پخت و پز مهم است. اگر کارها را اشتباه انجام دهید، ممکن است در نهایت به ظرفی برسید که مرغ و اردک در آن باشد، چیزی که آدم نمی‌خواهد ببیند. فکر می کنم همیشه این قیاس را به خاطر بسپارم. در میان چیزهای دیگر در بوستون، بینش‌های بسیار خوبی در مورد نحوه انتخاب پایه مناسب برای یک «غذا» خاص وجود داشت.

جالب بود بدانید که چند نفر از افراد صنعت در کارگاهی که من شرکت کردم حضور داشتند (همه به جز من اهل صنعت بودند). من سعی می‌کردم ببینم چرا و ظاهراً دلایل قانع‌کننده‌ای برای انجام محاسبات سطح بالا وجود دارد، به‌ویژه وقتی صحبت از خواص مولکولی مانند p می‌شود.کa، logP و خواص ساختاری. در زیر مقاله جالبی وجود دارد که این موضوع را ثابت می کند. این اثر توسط آرت ذکر شد (او همچنین نقدی بر مجموعه پایه/سطح انتخاب های تئوری نویسندگان ارائه کرد). به گفته جگوار، مرکب 14 زاویه پیچش بهینه 0 دارد^oکه از نظر اتصال به Leu398 محوری PAK4 کیناز (هدف پروتئینی در این مورد) کمتر از حد مطلوب است. با در نظر گرفتن این موضوع، یک مشتق بسیار قوی تر 16 طراحی، تهیه و تایید شد. به دلیل برخورد فضایی، این مولکول دارای زاویه پیچش 30 است^o، که آن را قادر می سازد به درستی با Leu398 تعامل داشته باشد. خانم ها و آقایان باید از مکانیک کوانتومی بیشتر استفاده کنیم.