من همیشه مجذوب این واقعیت بوده ام که نزدیک به یک نیمه از پروتئین‌های تک دامنه در بانک داده‌های پروتئینی، عناصر ترمینال N و C در مجاورت نزدیک هستند. چند سال پیش کریشنا و انگلندر اشاره کردند که این تعداد نسبتاً زیاد است. در واقع، بسیار بالاتر از آن چیزی است که بر اساس احتمال تصادفی انتظار می رود. دلایل دقیق این مشاهده عجیب هنوز مورد بحث است:
اکنون، اگر 30 سال به عقب برگردیم، یک مطالعه کلاسیک توسط Creighton پیدا می کنیم که چرخه ای تمیز از پروتئین BPTI را نشان می دهد (ساختار آن در زیر نشان داده شده است). به طور قابل توجهی، چرخه شدن توسط یک معرف کربودییمید “میانه راه” آغاز شد، بنابراین هیچ چیز جالبی در این شیمی وجود ندارد. در نمودار زیر به وضوح مشاهده می کنید که انتهای BPTI نسبتاً نزدیک به هم هستند و می توان آنها را بدون دردسر مجبور به چرخش کرد.
من تعجب می کنم که چرا ما آنزیم های حلقوی طبیعی تری را نمی بینیم (اگرچه دیوید کریک اخیراً در مورد برخی از آنزیم های واقعاً جالب صحبت کرده است)؟ نسخه‌های چرخه‌ای مصنوعی می‌توانند به طور قابل‌توجهی پایدارتر از نسخه‌های غیرچرخه‌ای مربوطه باشند، که می‌توان آن را بارها و بارها مشاهده کرد، به عنوان مثال در مقاله زیر توسط هاوارث، اگرچه در اینجا نویسندگان از یک چرخه‌سازی نسبتاً «فانتزی» استفاده کردند (شما فقط می‌توانید کربودییمید کریتون را شکست ندهند…):